中國醫科大學航空總醫院成立于1972年，隸屬于世界五百強企業——中國航空工業集團公司，歷經四十余年發展，醫院已成為集醫療、教學、科研、預防為一體的大型公立三級綜合醫院、航空工業醫療行業龍頭醫院、北京市北苑地區醫療中心、聯合國兒童基金會和國家衛計委聯合授予的“愛嬰醫院”、中國醫院協會授予的 “全國百姓放心示范醫院”、北京市衛生局授予的“平安醫院”、北京市首批社會醫療保險定點醫療機構、全國無煙醫院、中國醫科大學非直屬附屬醫院、北京中醫藥大學和四川大學華西口腔醫學院教學醫院。

醫院擁有一個總部、四個門診部和四個社區服務站，專業設置齊全，下設47個臨床、醫技科室。有現代化的潔凈手術部、重癥醫學科、靜脈輸液配置中心和輻射全國的大型健康管理中心，是“中華婦科腫瘤疑難會診中心”，設有北京急救中心北苑急救站。承擔著中國航空工業集團公司50萬員工的職業病防治、醫療保健工作，肩負著大型飛行試驗的醫療保障和周邊100余萬居民的醫療保健任務。

醫院占地面積約28600平方米，建筑面積73075平方米，南區建設將新增醫療用房4.6萬平方米，建成后，醫院建筑面積將達12萬平方米。現編制床位1000張。醫院擁有一流的醫療設備，有醫療儀器設備2358臺(套)，設備值達2億多元，擁有3.0T超導磁共振、320排高端CT、全視野數字化乳腺X線攝影系統、數字減影式血管造影儀(DSA)、數字化X光機(DR)、進口高端彩色超聲診斷儀等現代化的診療設備及樓宇智能自控系統。

近年來，醫院從美國匹茲堡大學、北大、協和、華西等知名院校引進一批學科帶頭人和專家，打造了一支結構合理、具有競爭力的人才梯隊，醫院有員工1600余人，醫療技術人員1401人，副主任醫師以上職稱260余人，博士后及博士近67人，碩士及以上學歷412人。

醫院堅持“健康中尋價值，差異中謀發展”的發展戰略，大力發展重點學科。口腔科、婦產科、神經病學科群為醫院重點學科。依托華西口腔雄厚實力，口腔科已成為京北地區綜合醫療機構中規模較大的口腔專科;醫院開設功能、微創、創傷腦血管病神經外科及腦脊液病神經外科，并聯合神經內科、疼痛科、心身醫學科，形成了神經病學科群;通過引進高端人才，醫院組建國內首家多學科疼痛科，首批獲得衛生部癌痛規范化治療示范病房，積極創立舒適醫療體系，促進“舒適醫學，無痛醫院”品牌的形成。開展各項三級醫院醫療項目，其中口腔無痛微創診療、牙種植、牙美學修復、婦科微創手術、復雜疑難疼痛診治、神經外科介入診治、神經內科卒中診療和神經電生理評定、產科無痛分娩、高危孕婦綜合救治等多項技術，腦脊液病、帶狀皰疹后神經痛、煙霧病、面神經疾病、神經肌肉病等多種疾病診療技術已處于國內外先進水平。2013年初，成功完成亞洲首例漸凍人高危孕婦剖宮產手術。

醫院加強與國際、國內各大醫療院校和醫療機構的合作。與中科院生物物理研究所共同成立“中國科學院北京轉化醫學研究院”;與中國醫科大學合作，建立中國醫科大學北京臨床學院、中國醫科大學航空總醫院博士后聯合培養基地;與華西口腔醫學院合作，成立“華西口腔醫院361分院”;與慕尼黑大學啟明湖培訓中心合作，成立“航空總醫院德國啟明湖口腔種植培訓中心”;與阜外醫院合作成立了心血管技術培訓中心;與蒙古國合作，成為北京唯一一家“蒙古國醫生來華交流定點醫院”;成立了北京市第五家神經病學會診中心及北京地區“中華醫學會麻醉學分會疼痛診療培訓基地”。

醫院高度重視科教工作，不斷提高技術創新能力，新成立了臨床技能培訓中心，慢性盆腔痛、帶狀皰疹、煙霧病、口腔種植、腦脊液病、漸凍人疾病及后組顱神經疾病7個疾病研究室。近三年承擔國家自然科學基金、北京市自然科學基金、首發專項課題、朝陽區課題17項，獲航空工業集團公司科技進步獎3項，發表SCI論文20余篇，在核心期刊上發表論文近300篇。廣泛開展教學合作，與多家高等醫學院校建立了教學合作關系。醫院有外聘院士2名，擁有一批博士生及碩士生導師，承擔國家級繼續教育項目及北京市繼續教育項目近40項。與國內外著名大學及醫療機構不斷開展各種學術交流活動。

醫院秉持“尚德精術”的院訓，以“身心護佑健康同行”為使命，堅持以病人為中心，堅持人性化服務，不斷優化服務流程，為患者提供高效、便捷的優質服務，努力打造北京最值得信賴的醫院。通過強強聯合，醫院不斷引進國際先進醫療技術，向著一流的現代化醫院目標不斷邁進。