根據中央建設創新型國家的總體戰略目標和國家中長期科技發展規劃綱要，結合中國科學院科技布局調整的要求，圍繞深圳市實施創新型城市戰略，2006年2月，中國科學院、深圳市人民政府及香港中文大學友好協商，在深圳市共同建立中國科學院深圳先進技術研究院(以下簡稱“先進院”)，實行理事會管理，探索體制機制創新。

先進院目前已初步構建了以科研為主的集科研、教育、產業、資本為一體的微型協同創新生態系統，由六個研究所(先進集成技術研究所、生物醫學與健康工程研究所、先進計算與數字工程研究所、生物醫藥與技術研究所、廣州中國科學院先進技術研究所(籌)、中國科學院深圳先進院-麻省理工學院麥戈文聯合腦認知與腦疾病研究所(籌))、一所特色學院(深圳先進技術學院)、四個特色產業育成基地(深圳蛇口機器人基地、深圳龍崗低成本健康基地、深圳李朗云計算與物聯網基地、上海嘉定電動汽車基地)、一支天使基金(中科育成)和三支風投基金(中科明石、中科道富、中科昂森)、多個具有獨立法人資質的新型專業科研機構(深圳創新設計研究院、深圳北斗應用技術研究院、濟寧中科先進技術研究院)組成，設有學術委員會、學位委員會和工業委員會。